紅豆杉的產地廣泛分佈在廣東樂昌，陝西、湖北、安徽西部以至四川貴州銅仁市梵淨山和佛頂山地區、重慶西南大部分地區以及酉陽大板營原始森林、甘肅南等地。
除澳洲一種產於南半球之外，其餘紅豆杉均產於北半球。中國紅豆杉有4種1變種，分佈於中國大部分地區。東北紅豆杉主要分佈在吉林省長白山和黑龍江一帶，遼寧東部山區也有少量分佈。雲南紅豆杉主要分佈在 滇西與地州16個縣總面積約9萬平方公里， 其特點是分佈廣， 生長分散，無純林，多爲林中散生木。南方紅豆杉主要分佈在滇東、滇西南、滇東純林，多爲林中散生木。
紅豆杉遭遇滅頂之災的原因就是20世紀90年代初，美國某公司發現，紅豆杉樹皮中的紫杉醇具有抗癌功效。消息傳到中國，傳到雲南，人們突然意識到財寶就在身邊，人們瘋狂的剝紅豆杉的皮，沒有人把規定詳盡的《雲南省珍貴樹種保護條例》放在心上，因此，越來越多的紅豆杉的生命就在一夜之間戛然而止。
林業局曾對開展的 “紅豆杉工程”做出過明確的批示：“紅豆杉爲中國一級保護樹種，兼有很好的生態效益和極高的經濟價值，支援在適當範圍大力營造紅豆杉林，社會各界以承包、租賃、拍賣、股份合作等多種形式參與造林綠化事業應予以提倡和鼓勵”。
紅豆杉自然保護區
1、樑野山自然保護區是個的紅豆杉自然保護區，也是一個以南方紅豆杉爲保護對象的自然保護區。
2、穆棱東北紅豆杉自然保護區於2009年被批准爲自然保護區，被稱爲“植物界大熊貓”的16萬餘株東北紅豆杉將進一步得到有效保護。